15.3 编写扩展函数操作数组
问题
你想编写一个C扩展函数来操作数组,可能是被array模块或类似Numpy库所创建。 不过,你想让你的函数更加通用,而不是针对某个特定的库所生成的数组。
解决方案
为了能让接受和处理数组具有可移植性,你需要使用到 [Buffer
Protocol]{.title-ref} . 下面是一个手写的C扩展函数例子,
用来接受数组数据并调用本章开篇部分的 avg(double *buf, int len)
函数:
/* Call double avg(double *, int) */
static PyObject *py_avg(PyObject *self, PyObject *args) {
PyObject *bufobj;
Py_buffer view;
double result;
/* Get the passed Python object */
if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &bufobj)) {
return NULL;
}
/* Attempt to extract buffer information from it */
if (PyObject_GetBuffer(bufobj, &view,
PyBUF_ANY_CONTIGUOUS | PyBUF_FORMAT) == -1) {
return NULL;
}
if (view.ndim != 1) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "Expected a 1-dimensional array");
PyBuffer_Release(&view);
return NULL;
}
/* Check the type of items in the array */
if (strcmp(view.format,"d") != 0) {
PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "Expected an array of doubles");
PyBuffer_Release(&view);
return NULL;
}
/* Pass the raw buffer and size to the C function */
result = avg(view.buf, view.shape[0]);
/* Indicate we're done working with the buffer */
PyBuffer_Release(&view);
return Py_BuildValue("d", result);
}
下面我们演示下这个扩展函数是如何工作的:
>>> import array
>>> avg(array.array('d',[1,2,3]))
2.0
>>> import numpy
>>> avg(numpy.array([1.0,2.0,3.0]))
2.0
>>> avg([1,2,3])
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: 'list' does not support the buffer interface
>>> avg(b'Hello')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: Expected an array of doubles
>>> a = numpy.array([[1.,2.,3.],[4.,5.,6.]])
>>> avg(a[:,2])
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ValueError: ndarray is not contiguous
>>> sample.avg(a)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: Expected a 1-dimensional array
>>> sample.avg(a[0])
2.0
>>>
讨论
将一个数组对象传给C函数可能是一个扩展函数做的最常见的事。 很多Python应用程序,从图像处理到科学计算,都是基于高性能的数组处理。 通过编写能接受并操作数组的代码,你可以编写很好的兼容这些应用程序的自定义代码, 而不是只能兼容你自己的代码。
代码的关键点在于 PyBuffer_GetBuffer()
函数。
给定一个任意的Python对象,它会试着去获取底层内存信息,它简单的抛出一个异常并返回-1.
传给 PyBuffer_GetBuffer()
的特殊标志给出了所需的内存缓冲类型。
例如,PyBUF_ANY_CONTIGUOUS
表示是一个连续的内存区域。
对于数组、字节字符串和其他类似对象而言,一个 Py_buffer
结构体包含了所有底层内存的信息。
它包含一个指向内存地址、大小、元素大小、格式和其他细节的指针。下面是这个结构体的定义:
typedef struct bufferinfo {
void *buf; /* Pointer to buffer memory */
PyObject *obj; /* Python object that is the owner */
Py_ssize_t len; /* Total size in bytes */
Py_ssize_t itemsize; /* Size in bytes of a single item */
int readonly; /* Read-only access flag */
int ndim; /* Number of dimensions */
char *format; /* struct code of a single item */
Py_ssize_t *shape; /* Array containing dimensions */
Py_ssize_t *strides; /* Array containing strides */
Py_ssize_t *suboffsets; /* Array containing suboffsets */
} Py_buffer;
本节中,我们只关注接受一个双精度浮点数数组作为参数。
要检查元素是否是一个双精度浮点数,只需验证 format
属性是不是字符串"d". 这个也是 struct
模块用来编码二进制数据的。
通常来讲,format
可以是任何兼容 struct
模块的格式化字符串,
并且如果数组包含了C结构的话它可以包含多个值。
一旦我们已经确定了底层的缓存区信息,那只需要简单的将它传给C函数,然后会被当做是一个普通的C数组了。
实际上,我们不必担心是怎样的数组类型或者它是被什么库创建出来的。
这也是为什么这个函数能兼容 array
模块也能兼容 numpy
模块中的数组了。
在返回最终结果之前,底层的缓冲区视图必须使用 PyBuffer_Release()
释放掉。 之所以要这一步是为了能正确的管理对象的引用计数。
同样,本节也仅仅只是演示了接受数组的一个小的代码片段。 如果你真的要处理数组,你可能会碰到多维数据、大数据、不同的数据类型等等问题, 那么就得去学更高级的东西了。你需要参考官方文档来获取更多详细的细节。
如果你需要编写涉及到数组处理的多个扩展,那么通过Cython来实现会更容易下。参考15.11节。